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武汉生物技术研究院

十周年文集

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三代测序那些难忘的事儿 / 章高迪

三代测序那些难忘的事儿 / 章高迪

  • 分类:技术平台部
  • 作者:章高迪
  • 来源:
  • 发布时间:2019-12-06 18:22
  • 访问量:

【概要描述】

三代测序那些难忘的事儿 / 章高迪

【概要描述】

  • 分类:技术平台部
  • 作者:章高迪
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2014年从大学毕业后,我就从外地回到了湖北,开始在武汉寻找工作。后来我在一个朋友的介绍下了解到了光谷生物城并且后来机缘巧合之下加入了武汉生物技术研究院。在研究院这五年里,我一直在三代测序平台从事实验方面的工作。这期间最让我影响深刻的是2014到2015年的一次经历。

 

时间正值2014年下半年,我们测序平台、暨南大学和未来组合作准备用来做第一个中国人三代测序全基因组完成图。最初这个项目由未来组负责提供DNA以及后续组装以及分析,我们测序平台主要负责DNA质检以及后续的建库测序实验。当时我在研究院实习了一段时间主要工作就是做DNA质检,于是对未来组提供从人血液中提取的DNA样本进行质检的工作就落在我的头上。

 

由于当时三代测序刚进入国内,我们测序平台也只做过一些微生物的项目,这种大型基因组项目并没有太多先例可以来参考的。而且想要发挥三代测序长读长的优势将人的基因组完成图组装的最好,就必须有完整性非常好的DNA。但是项目的进展并不顺利。

 

2014年下半年未来组提供了很多次他们提取的DNA,可是我在进行质控是发现这些样本总是有不同程度的降解并不能达到之前定下的要求,强行拿这些样本去进行建库测序结果也不能让人满意。

 

这个项目就这么拖到了2015年。因为接近半年毫无进展,所以未来组便委托我们也一同进行DNA提取。在接到提取委托后,我就开始查找相关文献看能不能借鉴别人的方法。但当时国内二代测序是主流大多DNA提取方法是针对二代测序来设计的,三代测序刚起步也找不到太多相关资料。

 

我只能用最基本的提取血液中DNA的方法来一步步试,由于这个项目提供血的客户不在国内,所以预实验直接抽的是平台负责人杨总的血。整个提取实验中我十分小心谨慎几乎不敢随意震荡导致DNA断裂降解,虽然DNA质量比之前未来组用试剂盒提取的有所提升,但是依然还是不能满足实验需求。

 

一次偶然,杨总在流式细胞平台实验室发现了一瓶淋巴细胞分离液,然后顺理成章的想让我先分理出有核细胞后再试试能不能直接用有核细胞进行提取。抱着死马当活马医的心态,我就拿着现抽的血做细胞分离得到有核细胞后再结合之前改进的方法进行DNA提取。结果让人意想不到,这次提取的结果比之前有了非常大的改观。

 

在我又进行了几次优化之后提取的DNA终于可以达到之前的要求了。在我顺利完成了DNA提取的工作后,之后的建库测序工作也在经历过一些小的波折后顺利完成了。

 

很多时候事情可能没办法非常顺心的完成,但是只要我们不断地努力,不断地尝试最终总能得到我们想要的结果。

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